Sejarah pengajian di peringkat tingkatan enam Sekolah Menengah Kebangsaan Agama Falahiah
bermula apabila pengambilan pelajar ulungnya dimulakan pada bulan mei tahun
1989. Seramai 23 orang pelajar sulungnya memulakan pengajian di tingkatan 6
rendah dengan penawaran 5 mata pelajaran pilihan iaitu; Pengajian Am, Bahasa
Melayu, Bahasa Arab, Syariah dan Sejarah. Dan pada tahun 1990 seramai 15 orang pelajar
didaftarkan sebagai kumpulan kedua
dengan pakej mata pelajaran yang sama. Pada tahun 1991 berlaku perubahan pakej
mata pelajaran yang ditawarkan kepada 22 orang pelajar yang menduduki tingkatan
6 rendah, iaitu Pengajian Am, Bahasa Arab, Kesusasteraan Melayu, Syariah dan
Sejarah. Dan akhirnya sekali lagi pakej mata pelajaran yang ditawarkan kepada
seramai 34 orang pelajar berlaku perubahan dengan 5 subjek iaitu Pengajian Am,
Bahasa Arab, Syariah, Usuluddin dan Sejarah.
Pada tahun 1998 pengambilan pelajar perempuan
dimulakan, perubahan ketara ini telah membuka sejarah baru bagi pengajian
peringkat menengah tinggi di sekolah ini dan sekaligus dapat melonjakkan
kecemerlangan prestasi STPM. Tahun 2001 semakan semula kurikulum tingkatan 6 telah dilakukan dan perubahan pakej mata pelajaran juga berubah
dengan hanya 4 subjek sahaja ditawarkan kepada pelajar-pelajar ketika itu iaitu
tidak termasuk Usuluddin. Perubahan pakej ini telah memberi kesan kepada
kemerosotan pelajar ke IPTA, oleh itu pakej 5 subjek terpaksa ditawarkan semula
bagi jurusan agama iktisas dan kekal sehingga kini.
Dan pada tahun 2008 transformasi telah dilakukan dalam pengurusan dan pelaksanaan
tingkatan 6. Dengan pejenamaan semula tingkatan 6 kepada pusat pengajian prauniversiti
dan penyusunan semula struktur heraiki pentadbiran dan pengurusan
prauniversiti, sekali lagi telah mengangkatkan martabat dan status pengajian di-
tingkatan 6. Pengurusan dan pentadbiran tingkatan 6 telah memasuki fasa baru
dengan pengwujudan dan pengstrukturan semula jawatan tenaga pengajar sebagai
penambahbaikan pengurusan dan pelaksananaan pengajaran dan pembelajaran di
tingkatan 6. Dalam pengurusan berkenaan, diwujudkan jawatan Guru Penolong Kanan
Tingkatan 6, Guru Kokurikulum (Gerko) Tingkatan 6 dan jawatan Pengetua di
sekolah-sekolah yang mempunyai tingkatan 6 dinaikkan ke gred DG52.
Guru Penolong Kanan Tingkatan 6 bertanggungjawab mengurus semua hal ehwal berkaitan tingkatan 6 dari segi pentadbiran,
kurikulum, hal ehwal murid, kokurikulum dan kebajikan. Pelaksanaan waktu
pengajaran juga lebih fleksibel serta dalam pelbagai pendekatan dan kaedah.
Pendekatan baru diperkenalkan dalam bentuk pengkuliahan, tutorial, penyelidikan
dan konsultasi akademik dan penambahbaikan ini sejajar dengan pengajian di
peringkat prauniversiti serta perubahan
kurikulum dan pentaksiran secara holistik pada tahun sesi 2012/2013 akan memberi impak yang positif ke arah
memperkasakan pengajian di peringkat prauniversiti dalam sistem pendidikan
negara. Dan pada Mei 2012 Kehort. Pertama sistem modular akan bermula dengan
rasminya dan sekaligus mengubah sistem pembelajaran dan pengajaran serta
pentaksiran dan penilaian di tingkatan enam secara menyeluruh sesuai sebagai
prauniversiti sebagaimana yang pernah ditegaskan oleh Tan Sri Alimuddin bin Mohd Dom - Mantan KPPM -: “Tingkatan Enam perlu
dibezakan dengan menengah biasa kerana ia adalah peringkat yang lebih tinggi
dalam sistem persekolahan” , “Pendidikan
Pra-U di Tingkatan Enam seharusnya sama dengan persekitaran di Kolej
Matrikulasi, IPG dan IAB yang sistem pembelajarannya sama seperti Universiti”
